В 1901 году Пашен получил профессорскую должность в Университете Тюбингена (University of Tübingen).Основным научным интересом Пашена в годы его работы в Тюбингене было изучение атомных спектров — атомная спектроскопия и квантовая теория излучения. Он выполнил ряд измерений длин волн многих спектральных линий.

К сожалению, восстановить династию в правах оказалось нелегко – по условиям Венского мира герцогства перешли к Пруссии и Австрии. Пруссия выдвинула Фридриху практически невыполнимые условия; после Австро-Прусской войны (Austro-Prussian War) 1866-го герцогства окончательно вошли в состав Прусского королевства (Kingdom of Prussia).