В 2003—2007 годах работал в центральном аппарате ОАО «РЖД» в должности вице-президента.Послетого как из ОАО «Российские железные дороги» в процессе реформирования была выделена дочерняя компания по грузовым перевозкам, Бабаев стал её генеральным директором.Салману Бабаеву присвоено звание «Заслуженный работник транспорта Российской Федерации».