Родился в Рокфорде (Иллинойс) 27 августа 1865. Учился в Чикагской богословской семинарии, Йельском и Берлинском университетах. В 1894 был назначен ассистентом кафедры египтологии Чикагского университета, с 1905 – профессор египтологии и истории Востока. По предложению королевских академий Германии Брэстед предпринял копирование и систематизацию египетских надписей в музеях Европы, содействовал составлению Берлинского Египетского словаря.